Diagnostische tools

qPCR kwantitatief meten op basis van DNA/RNA

qPCR is een kwantitatieve (Engels: quantitative) meting voor zowel DNA als RNA en bepaalt een vooraf bekend of gekozen doelproces of doelorganisme . Kortom je weet al waar je naar op zoek bent en meet in aantallen.
 
Met qPCR kun je bijvoorbeeld bepalen hoeveel schimmels er in je monster aanwezig zijn.

Waarom gebruiken we qPCR?

Traditionele microbiologische technieken zijn gebaseerd op kweek. Met deze kweekmethode selecteer je alleen levende en kweekbare organismen. Het merendeel van de aanwezige micro-organismen (ongeveer 99%) op aarde wordt niet kweekbaar geacht. Met qPCR kijk je naar het genetische materiaal wat altijd aanwezig is in een cel. Daarom geeft dit een betere afspiegeling van wat er werkelijk aanwezig is dan een kweek.
Een extra voordeel van qPCR is dat het monster in het veld kan worden gefixeerd waardoor de microbiologie niet kan veranderen tijdens transport. 

vPCR

vPCR is erg vergelijkbaar met qPCR. Het is ook een kwantitatieve meting op een vooraf bekend target. Het verschil is dat er bij vPCR een voorbehandeling plaatsvindt die selecteert voor de levensvatbare (viable; vandaar de v in vPCR) fractie. Dit zijn zowel levende actieve cellen als levensvatbare, niet actieve cellen zoals bijvoorbeeld sporen. 

 Wanneer gebruiken we vPCR?

vPCR wordt altijd uitgevoerd in combinatie met qPCR. vPCR kun je bijvoorbeeld gebruiken als je wilt weten hoeveel bacteriën in een monster levensvatbaar zijn. De methode is vergelijkbaar is met de kweekmethode, maar het voordeel van vPCR is dat het net als qPCR gebaseerd is op genetische materiaal. Daardoor zijn er geen restricties met betrekking tot kweekbaarheid.

Voor vPCR moeten monsters wel vers worden aangeleverd en kunnen niet worden gefixeerd.

Alle voordelen op een rij

  • Cultuuronafhankelijk: ongeveer 1% van de micro-organismen is kweekbaar. qPCR is kweekonafhankelijk en maakt het mogelijk om micro-organismen te vinden die anders 'ongezien' blijven.
  • Opties: we kunnen elke analyse uitvoeren voor microbiële groepen (bijvoorbeeld bacteriën), soorten (bijvoorbeeld Pseudomonas aeruginosa) of microbiële omzettingen (bijvoorbeeld sulfaat reductie)
  • Online data: resultaten worden online bepaald en worden automatisch verwerkt met behulp van softwaretools. De resultaten zijn daarom niet vatbaar voor persoonlijke interpretatie.
  • Kwaliteitscontrole: interne analyses zijn opgenomen in alle analyses om de kwaliteit van de analyses te bepalen.
  • Voor alle matrixen (water, gas, bodem en lucht).

Next Generation Sequencing (NGS)

Onze NGS testen zijn identificatietools, waarmee het mogelijk is om alle, ook vooraf onbekende, micro-organismen in kaart te brengen. Het is echter niet kwantitatief, maar er kan wel een semi-kwantitatief beeld worden gevormd van welke soorten in meer of mindere mate aanwezig zijn. Op basis van NGS kunnen qPCR analyses worden ontwikkeld om te kwantificeren en eventueel te monitoren.

Onze NGS tools:
De BioProphyler® richt zich op de identificatie van de gehele microbiële populatie in een monster, dankzij het gebruik van geavanceerde moleculaire technologie, namelijk Next Generation Sequencing (NGS). De NGS-techniek verschaft veel meer biologisch relevante informatie over de microbiële populatie dan de meer klassieke, moleculaire hulpmiddelen. De data die worden verkregen met de BioProphyler® gebruiken we om de rol van de micro-organismen in uw proces te begrijpen en u te helpen bij het beheersen van het proces.

Voordelen:
De Bioprophyler® identificeert alle bacteriën, archaea, schimmels en/of eukaryoten in uw systeem en geeft inzicht dankzij bruikbare data. De verkregen data presenteren wij voor u op een visueel inzichtelijk manier.

Metapath® is een test op basis van NGS (Next Generation Seqencing). Hiermee kun je alle aanwezige organismen en hun functionaliteit identificeren. Er hoeft dus niet van de tevoren een target (doelproces of doelorganisme) worden bepaald. Met de Metapath® tool is het mogelijk om zowel het DNA als RNA van al het genetische materiaal te analyseren.

Aaltje Joldersma,
joldersma@microbialanalysis.com

Rob Elzinga,
elzinga@microbialanalysis.com