Veelgestelde vragen

Vragen

  • 1. Hoe moet ik bemonsteren?

    Een goede analyse begint met een goed monster. Daarom hebben wij voor u een aantal duidelijke protocollen opgesteld, waarin elke stap duidelijk wordt uitgelegd. We leveren monstermateriaal aan en een protocol afhankelijk van de situatie/het monster. Wilt u liever niet zelf bemonsteren? Dan doen wij de bemonstering voor u. Voor bijna alle materialen, milieus en media is het mogelijk voor ons om monsters te nemen. Na monstername met ons protocol zijn monsters in principe veiliggesteld voor minimaal 3 maanden en ze kunnen per post worden verstuurd!

  • 2. Wat is het verschil tussen DNA/ RNA?

    DNA is het genetisch materiaal dat aanwezig is in iedere cel. Het maakt niet uit of de cel dood is of levend. DNA is de code die alle informatie bevat over hoe een cel eruit ziet en wat een cel kan doen.

    RNA is de actieve kopie van DNA, het is als het ware de boodschapper van de cel en wordt gemaakt in een cel als deze actief is. Door RNA te meten, wordt dus de activiteit van een proces gemeten. Zowel qPCR als NGS analyses kunnen we op zowel DNA als RNA uitvoeren.

  • 3. Wat kan ik met qPCR, vPCR en NGS?

    qPCR is een kwantitatieve (Engels: quantitative) meting voor zowel DNA als RNA en bepaalt een vooraf bekend of gekozen target. Kortom, je weet al waar je naar op zoek bent en meet in aantallen. Met qPCR kun je bijvoorbeeld bepalen hoeveel schimmels er in je monster aanwezig zijn.

    vPCR is erg vergelijkbaar met qPCR. Het is ook een kwantitatieve meting op een vooraf bekend target. Het verschil is dat er bij vPCR een voorbehandeling plaatsvindt die selecteert voor de levensvatbare (viable; vandaar de v in vPCR) fractie. Dit zijn zowel levende actieve cellen als levensvatbare, niet actieve cellen, bijvoorbeeld sporen. vPCR wordt altijd uitgevoerd in combinatie met qPCR. Met vPCR kun je bijvoorbeeld bepalen hoeveel van de bacteriën in een monster levensvatbaar zijn. 

    Met NGS (Next Generation Seqencing) kun je de aanwezige micro-organismen identificeren. Dit kan op zowel DNA (dood en levend) of RNA (complete microbiologische activiteit; rRNA en mRNA). Daarnaast is het mogelijk om zowel voor DNA als RNA al het genetische materiaal te analyseren (Metapathviewer) of alleen naar de soorten samenstelling te kijken waarbij geselecteerd wordt op bacteriën, archaea, schimmels en/of eukaryoten (Bioprophyler).

    Waarom gebruiken we qPCR? Traditionele microbiologische technieken zijn gebaseerd op kweek. Met deze kweekmethode selecteer je alleen levende en kweekbare organismen. Het merendeel van de aanwezige micro-organismen op aarde wordt niet kweekbaar geacht. Met qPCR kijk je naar het genetische materiaal dat altijd aanwezig is in een cel. Daarom geeft dit een betere afspiegeling van wat er werkelijk aanwezig is dan een kweek. qPCR is kwantitatief (meting van aantallen). Een extra voordeel van qPCR is dat het monster in het veld kan worden gefixeerd waardoor de microbiologie niet kan veranderen tijdens transport.  

    Waarom gebruiken we NGS? NGS is een identificatie tool. Met NGS is het mogelijk om alle, ook vooraf onbekende, micro-organismen in kaart te brengen. Het is echter niet kwantitatief, maar er kan wel een semi-kwantitatief beeld gevormd worden van welke soorten in meer of mindere mate aanwezig zijn. Op basis van NGS kunnen qPCR analyses ontwikkeld worden om te kwantificeren en eventueel te monitoren. 

    Waarom gebruiken we vPCR? vPCR is een kwantitatieve methode waarin alleen de levende (viable) fractie van een monster bepaald wordt. Dit is gebaseerd op een methode die vooraf alle dode cellen wegvangt. Het is daarmee een methode die vergelijkbaar is met de kweekmethode, maar het voordeel van vPCR is dat het net als qPCR gebaseerd is op genetische materiaal. Daardoor zijn er geen restricties met betrekking tot kweekbaarheid van een soort. Voor vPCR moeten monsters wel vers worden aangeleverd en kunnen niet worden gefixeerd.

  • 4. Kan een monsternamepakket overal ter wereld worden afgeleverd?

    Ja , in principe leveren we over de hele wereld. We hebben veel ervaring met monsternamepakketten versturen en monsters ontvangen vanuit veel verschillende delen van de wereld. Vanwege onze fixatie methode is het geen probleem dat het pakket lang onderweg is. 

  • 5. Wat is de levertijd van de analyses en kan het sneller?

    Onze standaard levertijd voor qPCR en vPCR is 10 werkdagen en voor NGS 30 werkdagen, na ontvangst van de monsters. Daarnaast zijn tegen aangepast tarief spoedanalyses mogelijk. Neem hiervoor contact op met info@microbialanalysis.com.

  • 6. Kunnen jullie analyses doen van schimmels?

    Ja, zowel qPCR als NGS kunnen wij ook op schimmels uitvoeren.

  • 7. Zit er een interpretatie bij de analyse?

    Voor alle analyses kunnen wij helpen met de interpretatie. Indien gewenst kunnen we compleet vanuit een vraag/probleem helpen om tot een zo goed mogelijk antwoord te komen. 

  • 8. Ik heb een biologisch probleem. Wat nu?

    Bel ons!

    We hebben een breed scala aan biologische kennis in ons team. Neem contact met ons op dan bespreken we met u hoe we bij uw probleem kunnen helpen.

  • 9. Heb ik een MIC (microbiologisch geïnduceerde corrosie) probleem?

    Meten is weten! We hebben ruime ervaring met MIC. We bieden verschillende producten aan om dit in kaart te brengen en kunnen op verschillende niveaus helpen. Kijk bij onze producten op deze website naar de mogelijkheden en bel gerust voor advies.

  • 10. Kunnen jullie helpen om mijn biologisch productieproces inzichtelijk te maken?

    Wij kunnen u hierbij zeker helpen. Om productieprocessen inzichtelijk te maken koppelen wij onze kennis aan de biotechnologische kennis van Bioclear earth op het gebied van productieprocessen en kunnen wij u adviseren omtrent aanpassingen of verbeteringen.

     Welke biologische afbraakprocessen kunnen jullie meten met betrekking tot bodemsanering?Naast DHC hebben we standaard analyses voor:

    • Vinylchloride reductase en Dehalobacter
    • Anaerobe BTEXN afbraak
    • Microaerofiele dechlorering

    Daarnaast is het mogelijk voor ieder microbiologisch bekend target analyses te ontwikkelen.

  • 11. Hebben jullie ook analyses voor…. ?

    In principe kunnen wij voor ieder microbiologisch target een qPCR analyse ontwikkelen zolang er voldoende informatie beschikbaar is.